يجب أن تجمع دراسات الدكتوراه ما بين الدقة والمرونة، إذ أن هذا الخليط هو السمة المميزة للنجاح في برامج الدكتوراه في الجامعات الفضلى في العالم. ولذا، وبينما يتوقع من جميع الملتحقين بهذا المسار في المعهد دراسة المقررات الواردة أدناه، سيتم استثناء بعض الدارسين من أجزاء محددة من هذه الخطة الدراسية، إما لأنهم أثبتوا مستويات متقدمة من المعرفة في موضوعاتها، أو لأن تخصصاتهم الدقيقة قد لا تتطلب أحد هذه المقررات أو أكثر كما يقرر مجلس دراسات الدكتوراه بالاستناد إلى توصيات الكليات والبرامج المعنية. بالنسبة للطلاب الذي يثبتوا معارفا متقدمة في المقررات التأسيسية، فسيتم منحهم وضعا متقدما كما تمت الإشارة أعلاه. وبالنسبة للطلاب الذين سيتخصصون في برنامج التاريخ، أو اللسانيات والمعجمية العربية، على سبيل المثال، قد يتم منحهم استثناءا من مناهج البحث الكمي المتقدم، وسيسمح لهم بدراسة مقرر الفكر العربي الحديث والمعاصر كبديل.
تتألف الخطة الدراسية لدراسات الدكتوراه من 60 ساعة معتمدة مقسمة كما يلي:

السنة الأولى - الفصل الأول:
 تصميم البحث  (3 ساعات معتمدة).​
قضايا متقدمة في العلوم الاجتماعية والإنسانية والاقتصادية والإدارية 1 (3 ساعات معتمدة).

 
السنة الأولى - الفصل الثاني:
-        مناهج البحث الكمي المتقدم (3 ساعات معتمدة).
-        مناهج البحث الكيفي المتقدم (3 ساعات معتمدة).
-         مقرر قضايا متقدمة في العلوم الاجتماعية والإنسانية والاقتصادية والإدارية 2  ( 3 ساعات معتمدة )
-        ويمكن (في حال الحاجة) للطلاب في برنامجي التاريخ واللسانيات والمعجمية العربية استبدال مقرر مناهج البحث الكمي المتقدم، بمقرر آخر بديل، وهو: الفكر العربي الحديث والمعاصر (3 ساعات معتمدة).

 
السنة الثانية - الفصلين الثالث والرابع:
المدونة (15 ساعة معتمدة).

السنتان الثالثة والرابعة - الفصول الخامس، والسادس، والسابع، والثامن:
البحث للأطروحة، وكتابتها والدفاع عنها (30 ساعة معتمدة). ​