​​مجلس الأمناء​ هو أعلى هيئة في إدارة معهد الدوحة للدراسات العليا. ويتولى تعيين رئيس المعهد كما يعيّن، بناء على توصية من الرئيس، نائب الرئيس للشؤون الأكاديمية، ونائب الرئيس للشؤون الإدارية والمالية. ويعيّن رئيس المعهد عميدًا لكل كلية.

ويسيّر الشؤونَ الأكاديمية والإدارية للمعهد مجلسُ معهد الدوحة، بوصفه هيئة تنفيذية عليا، ومجلسُ هيئة التدريس، بوصفه هيئة تمثيلية واستشارية عليا لأعضاء هيئة التدريس. ويتولى رئيس المعهد رئاسة المجلسين معًا. وثمة آليات على مستوى الكليات لتشجيع الإدارة المستقلة.

مجلس الأمناء

يضع مجلس الأمناء، بموجب السلطة المخولة له في اللائحة المؤسسية، سياسات تنظّم عملياته الداخلية، وينتخب من بين أعضائه لجانًا دائمة ذات صلاحيات محددة للمساعدة في تنفيذ واجباته.

ويرتبط مجلس الأمناء عبر رئيسه بالمعهد، ويعمل المجلس على تقييم أداء المعهد، ويشرف على التخطيط المؤسسي فيه وعلى شؤونه على المدى البعيد، بما في ذلك التخطيط المالي والأكاديمي والتنظيمي.

مجلس معهد الدوحة

يتولى مجلس معهد الدوحة، بوصفه هيئة أكاديمية تنفيذية عليا، إقرارَ السياسات الأكاديمية وتنفيذها بناءً على توصيات مجلس هيئة التدريس. ويوافق المجلس أيضاً على القرارات أو المقترحات التي تطرحها كلّيتا المعهد وبرامجه.

يتألف مجلس معهد الدوحة من الإدارة التنفيذية العليا في المعهد، وهم الرئيس (الذي يرأس المجلس)، ونواب الرئيس، وعمداء الكليات.

مجلس هيئة التدريس

يرفع مجلس هيئة التدريس، بوصفه هيئة تمثيلية عليا وكونه هيئة استشارية، توصيات بالسياسات التي تؤثّر في النزاهة الأكاديمية وتنعكس على تقدم المعهد وبيئة العمل وظروف هيئة التدريس، ويراجعها.

يتألف المجلس من أعضاء هيئة التدريس في المعهد، كما هو مفصل في النظام الداخلي للجمعية العامة لهيئة التدريس. ويضم في عضويته أيضًا الرئيس الذي يرأس الهيئة (بحكم منصبه مع صوت مرجّح بوصفه رئيسًا)، ونائب الرئيس للشؤون الأكاديمية، وجميع نواب الرئيس الآخرين، وهم أعضاء بحكم المنصب.

إدارة الكليات

يترأس كل كلية عميدٌ يعيّنه رئيس المعهد، وهو مسؤول أمام نائب الرئيس للشؤون الأكاديمية. وتنقسم الكليات تبعًا لبرامجها الأكاديمية إلى أقسام يدير كلًّا منها مدير البرنامج المعنيّ، والذي يتولى إدارة البرنامج وتطويره أكاديميًّا.

وجهاز الإدارة الأساسي على مستوى الكلية هو مجلس الكلية الذي يرأسه العميد، ويضم بين أعضائه أيضًا أعضاء هيئة التدريس المتفرغين، وذلك لتشجيع وتحقيق التمثيل المناسب. ويقوم مجلس الكلية بانتخاب ممثلين لمجلس هيئة التدريس، إضافةً إلى تزكيته المرشحين الجامعيين للحصول على الشهادة.​​